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에이프로젠바이오로직스 주식등의대량보유상황보고서(일반)

주식등의 대량보유상황보고서 주식등의 대량보유상황보고서란 상장회사 주식을 5% 이상 보유하게 되거나, 그 후 1% 이상 지분이 바뀌었을 때 보유자가 제출하는 보고서(5% 룰)이에요. 보유 목적(경영 참가 여부)과 지분 변동 내역이 담겨요.

에이프로젠바이오로직스(003060, 유가증권시장)는 2026년 10월 2일 「주식등의대량보유상황보고서(일반)」를 공시했어요.

회사
에이프로젠바이오로직스 003060
시장
유가증권시장
공시 유형
주식등의 대량보유상황보고서
보고서명
주식등의대량보유상황보고서(일반)
등록일시
2026년 10월 2일
제출인
에이프로젠

공시 원문

주식등의 대량보유상황보고서(일반)

주식등의 대량보유상황보고서

(일반서식 : 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제147조에 의한 보고 중 '경영권에 영향을 주기 위한 목적'의 경우)
금융위원회 귀중보고의무발생일  :2026년 09월 23일
한국거래소 귀중보고서작성기준일 :2026년 10월 02일
보고자 :(주)에이프로젠
요약정보
발행회사명(주)에이프로젠바이오로직스발행회사와의 관계최대주주
보고구분변동ㆍ변경
보유주식등의 수 및 보유비율보유주식등의 수보유비율
직전 보고서64,804,61390.18
이번 보고서90,255,83691.70
주요계약체결 주식등의 수 및 비율주식등의 수비율
직전 보고서7,718,37410.74
이번 보고서8,539,1348.68
의결권의 수 및 보유비율의결권의 수보유비율
직전 보고서--
이번 보고서--
주요계약체결 의결권의 수 및비율의결권의 수비율
직전 보고서--
이번 보고서--
보고사유- 보고자 특별관계인이 보유한 발행사 전환사채 변경 계약에 따른 변경 - 보고자 특별관계인이 보유한 발행사 전환사채 해지 계약에 따른 변경- 보고자 특별관계인이 보유한 발행사 전환사채 매매 계약에 따른 변경- 보고자 및 보고자 특별관계인이 보유한 발행사 전환사채 전환가액 조정에 따른 변동- 보고자 및 보고자 특별관계인이 보유한 발행사 전환사채 전환가액 조정에 따른 계약 비율 변경- 보고자의 유상신주 취득으로 인한 변동- 발행주식 총 수 변동에 따른 계약 비율 변경- 발행주식 총 수 변동에 따른 비율 변동
※ 보고자 본인은 보고서작성기준일 현재 본인과 특별관계자의 주식등의 보유상황을 관련 법규 및 기재상의 주의에 따라 정확하게 작성하였고, 중요한 사항의 허위기재 또는 기재누락이 없음을 확인합니다.

제1부 보고의 개요

1. 발행회사에 관한 사항

회사명(주) 에이프로젠바이오로직스회사코드003060
법인구분유가증권상장법인의결권있는 발행주식 총수(주)30,079,501

2. 대량보유자에 관한 사항

가. 보고자

(1) 보고자 개요

보고구분변동ㆍ변경연명
보고자 구분국내법인국 적대한민국
보고자 구분 기재 근거(법령상 조합 또는 기타단체로 기재한 경우만 기재)-
성명(명칭)한글(주)에이프로젠한자(영문)Aprogen, Inc
주소(본점소재지)[읍ㆍ면ㆍ동까지만 기재]경기도 성남시 중원구 둔촌대로생년월일 또는사업자등록번호 등219-81-00146
직업(사업내용)가열로, 제철설비, 환경에너지 설비등 플랜트 설비의 제작과 하드페이싱 등의 유지보수 및 의학 및 약학 연구개발발행회사와의 관계최대주주
업무상 연락처및 담당자소속회사(주)에이프로젠부서자금관리실
직위대리전화번호031-78******
성명이명준팩스번호031-80*******
이메일 주소******[email protected]

(2) 보고자에 대한 구체적인 사항(법인, 기타단체, 법령상조합, 민법상 조합의 경우 기재)

법적성격주식회사
자산총액(또는 운용자산총액)717,264부채총액258,654
자본총액458,609자본금164,652
대표자(대표조합원 또는업무집행조합원)김재섭
의사결정기구(의사결정권자)이사회(대표이사 김재섭 등 3人)
최대주주(최다출자자)(주)지베이스최대주주 지분율(%)(최다출자자 출자비율)21.16

* 상기 자산총액, 부채총액, 자본총액 및 자본금은 2025년도 말 연결재무제표 기준금액(단위:백만원)입니다** 상기 최대주주 지분율은 본 보고서 제출일 현재 기준 입니다.【보고자의 최대주주가 법인, 기타단체, 법령상조합, 민법상 조합의 경우】

법적성격주식회사
자산총액(또는 운용자산총액)77,425부채총액123,439
자본총액-46,013자본금1,000
대표자(대표조합원 또는업무집행조합원)강선주
의사결정기구(의사결정권자)이사회
최대주주(최다출자자)넥스코닉스최대주주 지분율(%)(최다출자자 출자비율)95.24

* 상기 자산총액, 부채총액, 자본총액 및 자본금은 2025년도 말 재무제표 기준금액(단위:백만원)입니다** 상기 최대주주 지분율은 본 보고서 제출일 현재 기준 입니다.

나. 특별관계자

(1) 특별관계자 개요

연번성 명(명칭)구분보고자와의구체적 관계생년월일또는사업자등록번호 등국적주 소(소재지)직 업(사업내용)발행회사와의 관계
1김정출개인(국내)계열회사 임원560511대한민국경기도 성남시 분당구 판교로기업인임원(등기)
2(주)지베이스국내법인최대주주129-86-85599대한민국경기도 성남시 중원구 둔촌대로바이오의약품연구, 개발 및 관련 컨설팅주요주주
3(주)앱튼국내법인계열회사580-86-00757대한민국경기도 성남시 수정구 창업로지열냉난방시스템 등 신재생에너지, 뇌질환치료제 등 신약개발계열회사등
4제이드 신기술조합 제79호법령상 조합공동보유자144-80-07926대한민국경기도 성남시 분당구 성남대로신기술사업투자조합-
5(주)앱토크롬국내법인계열회사114-81-82858대한민국경기도 성남시 중원구 둔촌대로바이오의약품연구, 개발 및 판매계열회사등
6에이프로젠아이앤씨(주)국내법인계열회사622-86-02200대한민국충청남도 보령시 청소면 송덕신송길석탄재 순환자원화 사업계열회사등
* 주소는 읍ㆍ면ㆍ동까지만 기재

(2) 특별관계자에 대한 구체적인 사항(법인, 기타단체, 법령상조합, 민법상 조합의 경우 기재)* (주)지베이스

법적성격주식회사
자산총액(또는 운용자산총액)77,425부채총액123,439
자본총액-46,013자본금1,000
대표자(대표조합원 또는업무집행조합원)강선주
의사결정기구(의사결정권자)이사회
최대주주(최다출자자)넥스코닉스최대주주 지분율(%)(최다출자자 출자비율)95.24

* 상기 자산총액, 부채총액, 자본총액 및 자본금은 2025년도 말 연결재무제표 기준금액(단위:백만원)입니다** 상기 특별관계자 지분율은 본 보고서 제출일 현재 기준 입니다.

* (주)앱튼

법적성격주식회사
자산총액(또는 운용자산총액)160,058부채총액64,874
자본총액95,184자본금19,658
대표자(대표조합원 또는업무집행조합원)김재섭
의사결정기구(의사결정권자)이사회
최대주주(최다출자자)(주)에이프로젠최대주주 지분율(%)(최다출자자 출자비율)26.83

* 상기 자산총액, 부채총액, 자본총액 및 자본금은 2025년도 말 연결재무제표 기준금액(단위:백만원)입니다** 상기 특별관계자 지분율은 본 보고서 제출일 현재 기준 입니다.

* 제이드 신기술조합 제79호

법적성격법령상조합
자산총액(또는 운용자산총액)-부채총액-
자본총액-자본금-
대표자(대표조합원 또는업무집행조합원)(주)이스트게이트인베스트먼트
의사결정기구(의사결정권자)조합원총회
최대주주(최다출자자)(주)엔투텍최대주주 지분율(%)(최다출자자 출자비율)99.99

* (주)앱토크롬

법적성격주식회사
자산총액(또는 운용자산총액)320,455부채총액13,886
자본총액306,569자본금110,395
대표자(대표조합원 또는업무집행조합원)김정출
의사결정기구(의사결정권자)이사회
최대주주(최다출자자)(주)에이프로젠최대주주 지분율(%)(최다출자자 출자비율)52.28

* 상기 자산총액, 부채총액, 자본총액 및 자본금은 2025년도 말 연결재무제표 기준금액(단위:백만원)입니다** 상기 특별관계자 지분율은 본 보고서 제출일 현재 기준 입니다.

* 에이프로젠아이앤씨(주)

법적성격주식회사
자산총액(또는 운용자산총액)12,292부채총액2,985
자본총액9,307자본금1,001
대표자(대표조합원 또는업무집행조합원)김대진
의사결정기구(의사결정권자)이사회
최대주주(최다출자자)(주)앱토크롬최대주주 지분율(%)(최다출자자 출자비율)94.92

* 상기 자산총액, 부채총액, 자본총액 및 자본금은 2025년도 말 재무제표 기준금액(단위:백만원)입니다** 상기 특별관계자 지분율은 본 보고서 제출일 현재 기준 입니다.

다. 집합투자업자

(보고자 또는 특별관계자가 규정 제3-10조 제2항에 따른 "집합투자기구"인 경우에 한함)

(1) 집합투자업자 개요

연번명칭사업자등록번호 등대상 집합투자기구국적주 소(소재지)비고
-------

(2) 집합투자업자에 대한 구체적인 사항

법적성격-
자본금-운용자산총액-
대표자-
의사결정기구(의사결정권자)-
최대주주(법인 대표자)-최대주주 지분율-

3. 보유주식등의 수 및 보유비율

보고서작성기준일보고자주식등주권의결권 있는 발행주식총수(주)
본인 성명특별관계자수주식등의 수(주)비율(%)주식수(주)비율(%)
직전보고서2026년 09월 11일(주)에이프로젠764,804,61390.189,203,66356.6016,261,203
이번보고서2026년 10월 02일(주)에이프로젠790,255,83691.7021,910,14472.8430,079,501
증 감25,451,2231.5212,706,48116.2413,818,298

4. 보유목적

경영권 영향
- 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 제154조 제1항 각 호에 대한 세부 계획은 없지만 장래에 회사의 업무집행과 관련한 사항이 발생할 경우에는 관계법령 등에서 허용하는 범위 및 방법에 따라 회사의 경영목적에 부합하도록 주주로서 관련 행위들을 고려할 예정입니다. 1.이사 및 감사의 선임ㆍ해임 또는 직무의 정지 2.이사회 등 회사의 기관과 관련된 정관의 변경 3. 회사의 자본금의 변경 4. 회사의 합병, 분할 및 분할합병 5. 주식의 포괄적 교환 및 이전 6. 영업전부의 양수ㆍ양도 또는 금융위원회가 정하여 고시하는 중요한 일부의 양수ㆍ양도 7. 자산의 전부의 처분 또는 금융위원회가 정하여 고시하는 중요한 일부의 처분 8. 영업전부의 임대 또는 경영위임, 타인과 영업의 손익전부를 같이 하는 계약, 그 밖에 이에 준하는 계약의 체결ㆍ변경 또는 해약 9. 회사의 해산

5. 변동[변경]사유

변동방법- 보고자 및 보고자 특별관계인이 보유한 발행사 전환사채 전환가액 조정에 따른 변동 - 보고자의 유상신주 취득으로 인한 변동- 발행주식 총 수 변동에 따른 비율 변동
변동사유- 보고자 특별관계인이 보유한 발행사 전환사채 전환가액 조정에 따른 변동 - 보고자의 유상신주 취득으로 인한 변동- 발행주식 총 수 변동에 따른 비율 변동
변경사유- 보고자 특별관계인이 보유한 발행사 전환사채 변경 계약에 따른 변경 - 보고자 특별관계인이 보유한 발행사 전환사채 해지 계약에 따른 변경 - 보고자 특별관계인이 보유한 발행사 전환사채 매매 계약에 따른 변경- 보고자 특별관계인이 보유한 발행사 전환사채 전환가액 조정에 따른 계약 비율 변경- 발행주식 총 수 변동에 따른 계약 비율 변경

제2부 대량보유내역

1. 보고자 및 특별관계자별 보유내역

가. 주식등의 종류별 보유내역
관 계성 명(명칭)생년월일또는사업자등록번호 등보유주식등의 내역
주 권신주인수권이표시된것전환사채권신주인수권부사채권교환사채권증권예탁증권기타합 계
의결권있는주식의결권있는 주식으로상환될주식의결권있는 주식으로전환될 주식주수(주)비율(%)
보고자(주)에이프로젠219-81-0014621,908,683---3,392,130----25,300,81325.71
특별관계자김정출5605111,458--------1,4580.01
(주)지베이스129-86-855993--------30.00
(주)앱튼(舊.(주)앱트뉴로사이언스)580-86-00757----11,489,520----11,489,52011.67
제이드 신기술조합 제79호144-80-07926----22,935,197----22,935,19723.30
(주)앱토크롬114-81-82858----30,228,365----30,228,36530.71
에이프로젠아이앤씨(주)622-86-02200----300,480----300,4800.31
Aa1a2BCDEFG
H
의결권있는발행주식 총수(I)보유잠재주식의 수(a1+a2+B+C+D+E+F+G=H)보유비율(%)
주식등의 보유비율[A+H / I+H-(E+F+G)※] × 100주권의 보유비율(A / I) × 100
30,079,50168,345,69291.7072.84

※ 교환대상이 주식인 교환사채권, 기초자산이 주식인 증권예탁증권ㆍ파생결합증권 및 자기주식을 교부하는 주식매수선택권 등에 한하여 분모에서 제외하고 보유비율을 산정

나. 보유형태별 보유내역
관계성명(명칭)생년월일또는사업자등록번호 등소유에 준하는 보유(자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 제142조) 형태합계
제1호제2호제3호제4호제5호제6호제7호주수비율
보고자(주)에이프로젠219-81-0014625,300,813------25,300,81325.71
특별관계자김정출5605111,458------1,4580.01
(주)지베이스129-86-855993------30.00
(주)앱튼(舊.(주)앱트뉴로사이언스)580-86-0075711,489,520------11,489,52011.67
제이드 신기술조합 제79호144-80-0792622,935,197------22,935,19723.30
(주)앱토크롬114-81-8285830,228,365------30,228,36530.71
에이프로젠아이앤씨(주)622-86-02200300,480------300,4800.31
※ 소유에 준하는 보유(자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령 제142조) - 제1호 누구의 명의로든지 자기의 계산으로 주식등을 소유하는 경우 - 제2호 법률의 규정이나 매매, 그 밖의 계약에 따라 주식등의 인도청구권을 가지는경우 - 제3호 법률의 규정이나 금전의 신탁계약ㆍ담보계약, 그 밖의 계약에 따라 해당 주식등 의 의결권(의결권의 행사를 지시할 수 있는 권한을 포함한다)을 가지는 경우 - 제4호 법률의 규정이나 금전의 신탁계약ㆍ담보계약ㆍ투자일임계약, 그 밖의 계약에 따라 해당 주식등의 취득이나 처분의 권한을 가지는 경우 - 제5호 주식등의 매매의 일방예약을 하고 해당 매매를 완결할 권리를 취득하는 경우로 서 그 권리행사에 의하여 매수인으로서의 지위를 가지는 경우 - 제6호 주식등을 기초자산으로 하는 법 제5조제1항제2호에 따른 계약상의 권리를 가지 는 경우로서 그 권리의 행사에 의하여 매수인으로서의 지위를 가지는 경우 - 제7호 주식매수선택권을 부여받은 경우로서 그 권리의 행사에 의하여 매수인으로서의 지위를 가지는 경우

2. 보유주식등에 관한 계약

가. 계약 여부
신탁ㆍ담보ㆍ대차ㆍ일임ㆍ장외매매ㆍ공동보유 등 주요계약 체결, 변경 여부
있음

*주요계약 체결ㆍ변경사실 미보고시 해당 미보고분에 대해 의결권이 제한될 수 있음

나. 계약 내용
연번성명(명칭)보고자와의관계생년월일 또는사업자등록번호 등주식등의종류주식등의수계약 상대방계약의종류계약체결(변경)일계약기간비율비고
1(주)에이프로젠본인219-81-00146의결권있는 주식333,333주식회사 온리홀딩스대부담보제공계약2026년 09월 24일2027년 03월 24일0.34변경계약
2제이드 신기술조합 제79호특수관계인144-80-07926전환사채권635,324샌디 신기술조합 제65호매매계약2026년 06월 30일2026년 12월 31일0.64매매계약
3(주)에이프로젠본인219-81-00146의결권있는 주식366,666주식회사 온리홀딩스대부담보제공계약2026년 10월 02일2027년 04월 02일0.38변경계약
4제이드 신기술조합 제79호특수관계인144-80-07926전환사채권444,726강정훈매매계약2026년 06월 30일2026년 12월 31일0.45매매계약
5(주)에이프로젠본인219-81-00146의결권있는 주식500,000주식회사 온리홀딩스대부담보제공계약2026년 05월 15일2026년 11월 15일0.51담보제공계약
6제이드 신기술조합 제79호특수관계인144-80-07926전환사채권317,662최종수매매계약2026년 07월 24일2026년 12월 31일0.32매매계약
7제이드 신기술조합 제79호특수관계인144-80-07926전환사채권635,324차연경매매계약2026년 07월 24일2026년 12월 31일0.65매매계약
8(주)에이프로젠본인219-81-00146의결권있는 주식700,000주식회사 제이와이케이홀딩스담보제공계약2026년 08월 04일2027년 08월 03일0.71담보제공계약
9제이드 신기술조합 제79호특수관계인144-80-07926전환사채권3,811,944이창순매매계약2026년 08월 27일2026년 12월 31일3.87매매계약
10제이드 신기술조합 제79호특수관계인144-80-07926전환사채권794,155주식회사 온리홀딩스대부매매계약2026년 10월 02일2026년 10월 02일0.81매매계약
합계(주식등의 수)8,539,134합계(비율)8.68-
다. 주요계약이 담보계약인 경우 추가 기재사항
연번주식등의 수대출금액채무자이자율담보유지비율기타
2333,333150,000,000(주)에이프로젠8.0150-
4366,666150,000,000(주)에이프로젠8.0150-
6500,000200,000,000(주)에이프로젠6.5150-
9700,000500,000,000(주)에이프로젠6.5110-

3. 자기계정 및 고객계정별 보유내역(금융기관에 한함)

명칭보고자와의관계계정별 내역합 계
자기계정(주)비율(%)고객계정(주)비율(%)계(주)비율(%)
--------
합 계------

제3부 직전보고일 이후 대량변동 내역

1. 변동내역 총괄표

가. 주식등의 변동내역
관 계성 명(명칭)생년월일또는사업자등록번호 등증감주식등의 내역
주 권신주인수권이표시된것전환사채권신주인수권부사채권교환사채권증권예탁증권기타합 계
의결권있는주식의결권있는 주식으로상환될주식의결권있는 주식으로전환될 주식주수(주)비율(%)
보고자(주)에이프로젠219-81-0014612,706,481---147,484----12,853,9658.39
특별관계자김정출560511---------00.00
(주)지베이스129-86-85599---------00.00
(주)앱튼(舊.(주)앱트뉴로사이언스)580-86-00757----500,722----500,722-3.62
제이드 신기술조합 제79호144-80-07926----3,304,960----3,304,960-4.02
(주)앱토크롬114-81-82858----8,705,045----8,705,0450.76
에이프로젠아이앤씨(주)622-86-02200----86,531----86,5310.02

2. 세부변동내역

가. 주식등의 세부변동내역
(단위 : 주, 원)
성명(명칭)생년월일 또는사업자등록번호 등변동일*취득/처분방법주식등의종류변동 내역취득/처분단가**비 고
변동전증감변동후
(주)에이프로젠219-81-001462026년 09월 23일유상신주취득(+)의결권있는 주식9,202,20212,706,48121,908,68315741574-
(주)에이프로젠219-81-001462026년 09월 24일행사가액조정전환사채권3,244,646147,4843,392,1302948294819CB
(주)앱튼(舊.(주)앱트뉴로사이언스)580-86-007572026년 09월 24일행사가액조정전환사채권10,988,798140,67211,129,4704639463918CB
(주)앱튼(舊.(주)앱트뉴로사이언스)580-86-007572026년 09월 24일행사가액조정전환사채권11,129,470360,05011,489,5207873787317CB
제이드 신기술조합 제79호144-80-079262026년 09월 24일행사가액조정전환사채권19,630,2373,304,96022,935,1971574157416CB
(주)앱토크롬114-81-828582026년 09월 24일행사가액조정전환사채권21,523,320982,27222,505,5922235223520CB
에이프로젠아이앤씨(주)622-86-022002026년 09월 24일행사가액조정전환사채권213,9499,764223,7132235223520CB
(주)앱토크롬114-81-828582026년 10월 01일행사가액조정전환사채권22,505,5927,722,77330,228,3651664166420CB
에이프로젠아이앤씨(주)622-86-022002026년 10월 01일행사가액조정전환사채권223,71376,767300,4801664166420CB

* 증권시장에서 주식등을 매매한 경우에는 그 계약체결일

** 주식 외의 증권의 경우 해당 증권의 행사(전환ㆍ교환)가액 또는 해당 증권의 권리행사로 취득ㆍ처분하는 주식의 매매단가를 의미하며, ( )의 금액은 해당 증권의 매매단가를 의미

*** 상기 "변동내역"의 수량은 제2부 「1. 보고자 및 특별관계자별 보유내역- 가. 주식등의 종류별 보유내역」상 "주수(주)"와 동일한 방법으로 산정한 수량입니다.

3. 취득에 필요한 자금등의 조성내역

(1) 취득자금등의 개요
(단위 : 원)
성명생년월일 또는사업자등록번호등자기자금(H)차입금(I)기타(J)계(H+I+J)
(주)에이프로젠219-81-0014620,000,001,094--20,000,001,094
(2) 취득자금등의 조성경위 및 원천
ㅇ 자기자금의 경우
성명생년월일 또는사업자등록번호등취득자금등의 조성경위 및 원천
(주)에이프로젠219-81-0014635 CB 발행
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원문: 금융감독원 전자공시시스템(DART) — https://dart.fss.or.kr/dsaf001/main.do?rcpNo=20261002000647

접수번호 20261002000647 · 페이지 갱신 2026-11-04 06:07 KST